古色古香的京都，奇妙的戀愛之旅正在展開。春天，黑發少女踏上尋找偽電氣白蘭地的夜之旅，學長卻被從天而降的錦鯉砸暈；夏天，少女在舊書市尋找心愛的童年繪本，學長則面臨殘酷的火鍋地獄；秋天，身背紅鯉魚的少女化身不倒翁公主，與拼死出演頑固王的學長相遇在學園祭的舞台；冬天，手持夢幻感冒藥的少女打倒感冒之神，與學長一起向京都的天空飛去……

14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的巨變。在此之後，葛城美里等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真希波奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣，但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裡，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裡得知自己將和美少年渚薰共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……

劇情結構屬於一種戲中戲風格。立花源也導演為了替女演員藤原千代子拍攝紀錄片，於是造訪她的住所。藤原千代子曾是相當知名的女演員，後來卻在事業的巔峰時選擇引退，這讓立花源也感到困惑。於是立花源也藉由與藤原千代子的對談中慢慢進入了她的內心世界。

雖然外表很帥氣但是卻令人感到有點缺憾的五位高中男生，遇上了一位大小姐後，展開了邁向「受歡迎男子甲子園（モテメン甲子園）」優勝之路的青春喜劇。

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

喬西的虎與魚 / Jose与虎与鱼们 電影講述的是雙腿不便、很喜歡看書的女性·喬瑟與追逐夢想的青年大學生·鈴川恆夫相遇後所展開的青春戀愛故事。電影由BONES負責製作，於2020年在日本上映。